Aurinkosähköjärjestelmän käyttö on yksinkertaista ja lähes huoltovapaata. Lähtökohtaisesti katolla oleville paneeleille ei tarvitse tehdä juuri mitään. Yleensä sade pitää ne puhtaina pölystä ja muista epäpuhtauksista. Paneeleiden päältä ei tarvitse myöskään poistaa lunta, koska sähkön tuotto on talvella hyvin vähäistä, eikä lumenpoistosta ole siten juuri mitään hyötyä. Jos lunta on aivan pakko poistaa, tulee se tehdä varovasti paneeleita naarmuttamatta. Kun aurinko alkaa keväällä lämmittää, sulaa paneeleiden päällä oleva lumi yleensä nopeasti. Erittäin lumisina talvina kannattaa seurata, ettei paneeleiden kiinnikkeisiin, etenkin kelluvassa ankkuroinnissa, pääse kinostumaan suuria määriä lunta. Ammattimaiset lumenpudottajat osaavat yleensä operoida katoilla, joilla on paneeleita.
Aurinkosähköjärjestelmän läpivientejä kannattaa seurata säännöllisesti. Erityisen tarkka kannattaa olla heti järjestelmän asennuksen jälkeen, jolloin on mahdollista huomata ajoissa, jos jokin tiivistys on viallinen. Pidemmän ajan seuranta kannattaa määrittää huollon tehtäväksi esimerkiksi kerran vuodessa muiden katon huoltotoimien yhteydessä.
Hyödyllinen ja samalla mielenkiintoinen asennuksen jälkeinen tehtävä on järjestelmän sähkön tuoton seuranta. Aluksi kannattaa tarkkailla, että järjestelmä alkaa toimia ja tuottaa sähköä. Muutaman kuukauden jälkeen saatuja tuottoja voi verrata muiden samantapaisten järjestelmien tuotantoon. Tietoa erilaisten järjestelmien tuotantomääristä löytyy esim. sunnyportal.com -sivustolta. Kun järjestelmä on toiminut ensimmäisen vuoden kannattaa varmistaa, että järjestelmä on tuottanut sen, minkä järjestelmän toimittaja takuuehdoissa lupasi. Myöhemmin tuottoja kannattaa seurata ainakin sen verran, että tuotanto on pysynyt suurin piirtein suunnitelmien mukaisissa rajoissa. Hyvä tapa on antaa järjestelmän tuotannon seuraaminen yhden hallituksen jäsenen vastuulle.
Aurinkosähköjärjestelmä on erittäin pitkäikäinen. Järjestelmän voi hyvinkin olettaa kestävän ainakin 30 vuotta. Laadukas invertteri kestää yleensä noin 15 vuotta. On myös hyvä huomioida, että paneeleiden tuotantoteho putoaa noin 0,5 % vuodessa.